关于企业年金的企业所得税前扣除政策，从某种意义上看已不成为一项税收优惠，因为我国已对工资薪金的税前扣除采用据实扣除原则。但对于国有企业而言，《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）规定，其税前扣除的工资薪金不得超过主管部门核定的工资总额。如果此类企业实际发生的工资薪金已经达到或超过核定标准，则为员工支付企业年金仍不失为一种纳税筹划的安排。
在个人所得税方面，由于企业年金分月缴费时不与当月工资薪金合并计税，实际上是税收制度给员工个人又提供了一次重新适用低级次税率的机会，给企业设计员工薪酬制度带来了新的筹划点。同时，企业应注意企业年金的缴费方式。国税函〔2009〕694号文规定，企业年金按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目适用税率计算扣缴个人所得税。个人取得的工资薪金收入应于个人实际取得时计算缴纳个人所得税，对于个人一次性取得原本可能属于不同月份的工资薪金，都不允许进行分摊。由此可见，相对按季度、半年或年度缴纳企业缴费而言，按月缴纳企业缴费的，税负相对较轻，对员工更加有利。
国税函〔2009〕694号文还规定，对因年金设置条件导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：
应退税款＝企业缴费已纳税款×（1－实际领取企业缴费／已纳税企业缴费的累计额）
需要说明的是，上述退税公式中的“己纳税企业缴费的累计额”应为企业为员工缴付的年金扣缴个人所得税后的累计金额。该退税计算方法对于员工总体上是有利的。例如，企业为某员工缴付年金20万元（税后），已扣缴该员工个人所得税2万元，现因种种原因员工退出年金计划，一次性领取企业年金缴费额12万元。则：Www.bX010.CoM
应退税款＝20000×（1－12／20）＝8000（元）
从理论上讲，该员工提前领取了企业缴费额，该项报酬本质上就应属于员工的一般薪酬，应与以前年度各月的工资薪金所得合并后适用相应累进税率计税，在累计税率较高时，员工可能涉及补税问题。然而，本公式作为简化处理，员工提前领取的企业缴费额仍然按原办法征税，不作重新计算处理。
